Holl Imre közvetlenül az egyetemi diploma megszerzése után bekapcsolódott Gerevich László nagyívű ásatássorozatába, amely 1949 és 1960 között a budai középkori várpalota régészeti feltárására irányult. Felkészültségét bizonyítja, hogy az ásatásvezető hamarosan önálló ásatási felületeket is rábízott.

Holl első publikációi is ehhez az ásatáshoz kapcsolódtak, és az itt előkerült gazdag leletanyag még évtizedeken át kutatásainak középpontjában állt.

Kőszeg középkori várát 1960 és 1962 között tárta fel. Az eredmények feldolgozását komplex módon végezte, arra törekedve, hogy egy-egy résztémát átfogó módon, minél több szempontot figyelembe véve mutasson be.

Ez a kutatás fordította figyelmét a 14. századi, szabályos alaprajzi elrendezésű várak felé is, amelyekről több, a későbbi kutatás számára is alapvető, módszertani tanulságokat is kínáló tanulmányt közölt.